از بدو شروع به کار دکتر فرجی دانا در وزارت علوم، سه انتصاب جنجال برانگیز در کارنامهی او بود که بیتوجهی به هشدارها و تذکرات نمایندگان مجلس، عاقبت منجر به استیضاح و جدایی او از هیئت دولت شد. انتصاب جعفر میلی منفرد به سمت معاون آموزشی، سعید سمنانیان به عنوان مشاور وزیر و رئیس مرکز هیاتهای امنا و هیاتهای ممیزه وزارت علوم و جعفر توفیقی به عنوان مشاور عالی، کافی بود تا وی را متهم به تبدیل وزارت علوم و همراهی با عوامل فتنه ۸۸ کنند. فرجی دانا در اولین واکنش به تذکر نمایندگان اعلام کرد که «انتخاب معاونان حق من است و سؤال از وزیر و استیضاح حق شماست». اگر چه وی ۹ بار به طور مفصل به تشریح دیدگاهها و اقدامات خود پرداخت و زمان فراوانی را به رایزنی با نمایندگان مجلس اختصاص داد اما در جلسات حضوری، کمتر انعطاف نشان داد و در آخرین حضور خود نیز در جایگاه استیضاح شونده ، قاطعیت خود را حفظ نکرد و حکمیت را در تعیین معاونان به رئیس مجلس واگذار کرد... دکتر فرجی دانا ظاهراً فراموش کرده بود که این همان مجلسی است که به شیخالاسلام وزیر کار دولت دهم رحم نکرد و وقتی با بیتوجهی وزیر مبنی بر عزل سعید مرتضوی از ریاست سازمان تأمین اجتماعی مواجه شد، وی را استیضاح و معزول کرد. اما فرجی دانا کسی نبود که اعمال قدرت نمایندگان مجلس را بپذیرد، او منطق خاص خودش را داشت و ترجیح داد یا با همین شیوه کار کند یا اصلاً در جایگاه وزارت علوم باقی نماند. البته فرجی دانا بر سر انتخاب سرپرست دوم دانشگاه تهران نیز دچار لجبازی شد. پس از آن که شورای عالی انقلاب فرهنگی به دکتر سبحان اللهی، فرد پیشنهادی وزیر، جهت ریاست دانشگاه خوارزمی، رأی عدم تأیید داد، فرجی دانا به جای آن که محمود نیلی را به عنوان رئیس به شورا معرفی کند، مجدداً به عنوان سرپرست به کار گماشت تا همین مسأله نیز در جلسهی استیضاح به عنوان یکی دیگر از نقاط ضعف مدیریتی وی مطرح شود که از نظر من نیز وارد است. جدای از آن چه در وزارت علوم و مناسبات قدرت میگذرد، انتخاب دو سرپرست و معطل گذاشتن وضع مدیریتی بزرگترین و باسابقهترین دانشگاه کشور یعنی دانشگاه تهران کار صحیحی نیست...